Datorită unor condiţii speciale de expansiune spre ţările româneşti a prozelitismului catolic, pe de o parte, dar şi a ortodoxismului grecesc, la Bucureşti şi la Iaşi au fost înfiinţate şcoli superioare de instruire şi formare a unei intelectualităţi elevate care să poată exercita o influenţă hotărâtoare, mai ales în cercurile conducătoare autohtone sau străine, asupra opţiunilor religioase, dar şi politice. Aceasta este explicaţia pentru apariţia, la Târgovişte, în 1646, pe vremea lui Matei Basarab, a unei şcoli în care se preda în greacă şi latină. La fel s-a întâmplat şi pe vremea lui Vasile Lupu la Iaşi.

Folosirea celor două limbi, neobişnuite pentru fondul slavon al culturii tradiţionale româneşti, s-a datorat faptului că profesorii, de provenienţă orientală sau occidentală, erau mai ales greci, catolici sau ortodocşi, instruiţi în ambele direcţii în centrele de iradiere culturală ale Italiei, care erau pe atunci şi zonele de emigraţie ale grecilor din Imperiul Otoman, în mod special Veneţia şi Padova. Dar exista şi la Roma un colegiu grecesc de orientare catolică, ceea ce nu înseamnă însă că toţi intelectualii greci ar fi adoptat catolicismul. Cu multe oscilaţii însă, între catolicism şi ortodoxie, dar şi cu influenţe protestante, intelectualii greci au ajuns la dispute violente şi chiar la persecuţii succesive, prin influenţarea administraţiei turceşti, uşor coruptibilă. În ambele situaţii, reprezentanţii taberelor persecutate îşi găseau refugiul în ţările româneşti, cum s-a întâmplat cu învăţatul grec Pantelimon Ligaridis, filocatolic, devenit profesor la şcoala din Târgovişte, sau cu Ghermanos Lokros, filoortodox, refugiat la Bucureşti. În Ţările Române au avut, în mod firesc, câştig de cauză grecii de orientare ortodoxă, care erau şi mai numeroşi. Doar la Iaşi, în aşa-numitul Colegiu Vasilian, au predominat catolicii, care s-au şi organizat într-o şcoală proprie a comunităţii catolice, cu profesori proveniţi de la Academia Moviliană din Kiev, instruiţi la şcolile catolice din Lituania.

Ulterior, au fost organizate treptat cele două Academii Domneşti, de la Bucureşti şi de la Iaşi, numite şi Academiile Greceşti datorită apartenenţei etnice a profesorilor, şi, mai ales, datorită predominanţei păturii conducătoare greceşti, prin care se vor institui conducerile fanariote ale ţărilor româneşti. Faptul că Academiile Domneşti, ca şi şcolile amintite, au precedat instaurarea fanarioţilor dovedeşte că, în ciuda predării în limbile greacă şi latină, elevii erau de provenienţă română, ca şi boierii, domnitorii şi apropiaţii acestora. Cel mai elocvent exemplu îl constituie principele Dimitrie Cantemir, instruit de către profesorii greci de la ambele Academii, în mod special de către călugărul grec Ieremia Cacavelas, ceea ce explică faptul că principele scria în greacă şi latină.

Din perspectiva noastră, este important faptul că la aceste instituţii de învăţământ se preda filosofia, ceea ce dovedeşte şi caracterul superior al acestora, faţă de simplele şcoli de cult, şi îndreptăţirea titulaturii de Academie pentru o astfel de instituţie. Se ştie, de exemplu, că Pantelimon Ligaridis preda la Şcoala de greacă şi latină din Târgovişte retorica şi logica, iar la Colegiul Vasilian din Iaşi, Sofronie Pociaţki, preda aceleaşi materii în limba latină.

La Academiile Domneşti filosofia era pe primul loc. Marele dascăl, profesorul principal (decanul, cum i-am zice astăzi), preda şapte cursuri de filosofie: logica, retorica, fizica, despre cer, despre naştere şi pieire, despre suflet şi metafizica. Ceea ce înseamnă că Academiile acestea erau un fel de „facultăţi de filosofie”. Dar se ştie că astfel de „facultăţi” nu pot funcţiona fără cadre didactice corespunzătoare, fără cursuri şi, mai ales, fără „studenţi”.

Cadrele didactice erau profesorii greci cu studii în Italia, la Roma şi Padova, şi la Academia grecească din Constantinopol, unii dintre ei fiind şi profesori la această Academie, iar întemeietorul Academiei Domneşti de la Bucureşti, Germanos Lokros, a fost chiar rector al Academiei (epistates tes Akademias) din Constantinopol (Fanar).

Cursurile se făceau „cu şi fără frecvenţă”, fiind cunoscuţi, afară de Ieremia Cacavelas, şi alţi „profesori de casă” ai domnitorilor şi ai marilor dregători: Nectarie Sinaitul; Spandonis, viitor rector al Academiei din Constantinopol, care preda şi în particular pentru fiul lui Gheorghe Duca-Vodă; Theodor din Trapezunt; Nicolae Kerameus, profesor la Constantinopol ş.a.

„Studenţii” erau tineri şi vârstnici, în special fiii şi rudele boierilor, ale domnitorilor, ale dregătorilor, ale negustorilor români, greci, bulgari, armeni.

Cursurile de filosofie, după titlurile enumerate, corespund celor şapte lucrări principale ale lui Aristotel. Alegerea acestora (fără poetica, etica, politica, economia) denotă orientarea neoaristotelică de tip scolastic, cu accentul pus pe logică şi retorică. Important este însă faptul că, după datele disponibile (mai ales manuscrisele cursurilor), acestea nu se predau după textele aristotelice, ci după comentariile acestora, în mod special după comentariile greceşti ale lui Teophil Coridaleu (1570-1646). Majoritatea profesorilor greci de la Academiile Domneşti erau foşti elevi ai lui Coridaleu. Unul dintre aceştia, Ioan Caryophillis, care se găsea în Ţara Românească, l-a invitat şi pe acesta la Târgovişte. Coridaleu acceptă invitaţia, dar nu mai reuşeşte s-o onoreze. Ioan Caryophillis va ajunge, la rândul său, rector al Academiei din Constantinopol.

S-a petrecut ceva uimitor în această perioadă, din secolul al XVII-lea până la începutul secolului al XIX-lea (1630-1821), ceva care l-a îndreptăţit pe filosoful şi istoricul grec Cleobul Tsourkas să considere că: „ceea ce au fost Florenţa şi Padova în secolele al XIV-lea şi al XV-lea pentru studiile clasice din Occident, au reprezentat apoi Iaşul şi Bucureştiul pentru Orientul ortodox”.

Predarea lui Aristotel după comentariile lui Coridaleu a însemnat încetăţenirea la noi, întrucât Coridaleu era un urmaş al lui Cesare Cremonini de la Padova, a neoaristotelismului scolastic. Aceasta presupune, cum s-a văzut, o selectare a tratatelor aristotelice. Faţă de cele şapte tratate (cursuri), Coridaleu avea şi un comentariu la Poetica lui Aristotel.

În al doilea rând, după exemplul comentatorilor antici, şi Coridaleu proceda la expunerea prin întrebări şi răspunsuri, care, în mod evident, are o semnificaţie pedagogică, urmărindu-se trezirea interesului pentru temele tratate. Prin răspunsuri erau trecute în revistă şi părerile altor comentatori, opiniile şi controversele filosofilor şi, în cele din urmă, părerea lui Coridaleu. Comentariile conţin însă şi scurte prezentări ale textelor aristotelice, cu unele rezumate de capitole, sau, alteori, ca în Comentariul la Metafizica lui Aristotel, se fac trimiteri la scurte citate din textele aristotelice. În ambele situaţii se presupune că „studentul” cunoştea sau avea la dispoziţie lucrările lui Aristotel, dar şi faptul că acestea, în spiritul aristotelismului scolastic, nu mai prezentau acelaşi interes în întregul lor. Urmărind, de exemplu, expunerea din lucrarea citată, se constată că nu se mai procedează rezumativ, ci selectiv, ceea ce poate să lase impresia că se proceda „pe sărite”. În realitate, este vorba, după cum se vede şi din Indicele de nume, că se făcea o selecţie a propoziţiilor, sintagmelor şi a termenilor care au trezit interesul exegeţilor aristotelicieni, care erau legate de concepţii şi doctrine dinainte sau de după Aristotel.

S-au găsit zeci de manuscrise ale comentariilor lui Coridaleu, la Iaşi şi la Bucureşti, o parte dintre ele fiind inedite şi găsindu-se numai în bibliotecile româneşti. Au mai fost, şi mai sunt încă, multe manuscrise greceşti din perioada Academiilor Domneşti, ale lui Coridaleu, ale profesorilor care au predat timp de două secole şi ale „studenţilor”.

Fără nici un discernământ, s-a considerat, pentru faptul că textele erau scrise în greacă şi latină, şi pentru faptul că primii profesori greci proveneau din Orientul grec sau din Occidentul latin, că această perioadă n-ar avea nicio semnificaţie pentru cultura şi pentru filosofia românească, ea trezind mai mult interesul exegeţilor greci – situaţie asemănătoare, dar mult mai gravă, cu dezinteresul pentru scrierile slavone ale clericilor şi laicilor din Ţările Române, printre care se numără şi celebrele Învăţături ale lui Neagoe Basarab către fiul său Theodosie. De perioada Academiilor Domneşti ţin lucrările lui Dimitrie Cantemir, Micul compendiu de logică şi Metafizica, ca şi ale profesorului său Ieremia Cacavelas, şi ale multor alţi profesori greci şi români sau greco-români, care s-au născut, au trăit şi au murit în ţările româneşti.

Este meritul filosofului Constantin Noica de a fi tras un semnal de alarmă în legătură cu nepăsarea noastră culturală, care ne va duce în cele din urmă la pierzanie. El a publicat, în condiţii extrem de grele, ajutat de câţiva greci pribegi de-ai lui Manolis Glezos, Introducerea la logică şi Comentariul la Metafizica lui Aristotel ale lui Teophil Coridaleu, după manuscrisele greceşti de la Biblioteca Academiei Române, rămânând uluit de bogăţia de manuscrise greceşti care zac nerecunoscute.

Neoaristotelismul scolastic greco-român, căci aşa ar trebui să se numească, ca şi scrierile slavo-române, face parte, cu voia sau fără voia istoricilor români de rea credinţă, dintre cele mai importante „izvoare de filosofie românească”, cum îi plăcea lui Constantin Noica să le zică.